合理的抗病毒治療對決定病情轉歸起著至關重要的作用。
一、治療病例的選擇
1. 急性
丙型肝炎：與急性
乙型肝炎不同，急性丙型肝炎患者應盡早積極接受抗病毒治療，抗病毒治療可以清除部分患者體內的HCV，防止發展為慢性感染者。
2. 慢性丙型肝炎：慢性丙型肝炎患者接受抗病毒治療的目的在于防止或減緩發展至
肝硬化甚至
肝癌。通常認為，HCV RNA陽性，ALT升高的患者才應接受抗病毒治療。ALT水平正常的患者是否接受抗病毒治療認識不一，肝纖維化S0、S1期患者也不一定要接受抗病毒治療。但肝纖維化S2、S3期患者應接受抗病毒治療，以阻止或減緩發展成肝硬化甚至肝癌。為減少并發癥的發生，肝硬化代償期（Child-Pugh A級）患者也可考慮接受抗病毒治療。對肝功能失代償患者，不宜接受抗病毒治療，而應考慮
肝移植治療。
二、治療方案的選擇：
1．急性丙型肝炎：治療方案通常為干擾素α（IFN-α）3MU，3次/周，療程為6個月。治療后發展成慢性丙型肝炎的危險性大大降低。
2．慢性丙型肝炎：單一IFN治療慢性丙型肝炎應答率低且復發率高，應盡可能避免使用，僅用于對病毒唑有禁忌證的病例，IFN劑量及療程與聯合治療方案相同。IFN聯合病毒唑治療，劑量為：IFN-α3MU，3次/周，病毒唑口服每天1000～1200mg（體重超過75kg者用1200mg，小于75kg者用1000mg）。對HCV基因型為2、3型或HCV RNA低于2×106拷貝/ml的基因型1型患者，療程為6個月；對HCV基因型為4型和HCV RNA高于2×106拷貝/ml的基因型1型患者，療程為12個月。聚乙二醇干擾素（Peg-IFN）治療：Peg-IFN注射后在血中可保持有效藥物濃度達168h，其療效明顯優于普通干擾素。一項研究對慢性丙型肝炎患者單用Peg-IFN（180μg/次，1次/周，共48周），與普通干擾素α-2a（6MU，3次/周，共12周，繼以3MU，3次/周，共36周）治療進行比較，治療72周時兩種治療方案產生的持久病毒應答率分別為39%和19%。對難治性HCV基因型1型患者，療效提高4倍（持久病毒應答率分別為28%和7%）。Peg-IFN聯合病毒唑治療：已作為丙型肝炎的首選治療方案。一項研究比較了Peg-IFN聯合病毒唑、普通干擾素聯合病毒唑、Peg-IFN聯合安慰劑三種方案治療慢性丙型肝炎的效果，發現持續病毒應答率Peg-IFN聯合病毒唑組為56%，而普通干擾素α-2b聯合病毒唑組為44%，Peg-IFN聯合安慰劑組為29%。在HCV基因型1型感染的患者中持久病毒學應答率，Peg-IFN加病毒唑組為46%，普通干擾素加病毒唑組為36%，Peg-IFN加安慰劑治療組為21%。特別是所有HCV基因型感染的患者和HCV RNA基線水平高于2×106拷貝/ml者，應用Peg-IFN加病毒唑治療更有可能出現持久病毒學應答。1型HCV基因型感染和基線HCV RNA水平高于2×106拷貝/ml者，應用Peg-IFN加病毒唑治療可顯著提高持久病毒學應答患者的比例。
三、抗病毒治療應答的定義和預測因素
抗病毒治療的應答以生物化學指標（正常的ALT）、病毒學指標（HCV-RNA陰性）和組織學指標結果來判斷。依據不同的階段，治療應答又分為早期病毒學應答（EVR，是指治療12周時病毒學應答情況）、治療結束應答（ETR）和持續應答（SVR），目前的治療應答是指治療結束和治療結束后隨訪24周時ALT恢復正常和HCV-RNA轉陰患者的比例。治療開始有5個獨立的因素與治療應答有關：有可能獲得較好治療應答的指標包括HCV基因型為2型或3型、基線病毒負荷小于3.5×106拷貝/ml、無門靜脈肝纖維化、女性和年齡小于40歲，其中HCV基因型和治療前病毒負荷是最有效的預測治療效果的因素。
四、丙型肝炎抗病毒治療的禁忌證
使用干擾素治療的絕對禁忌證為：有精神病或嚴重抑郁史、妊娠、未控制的顛癇。相對禁忌證為：有抑郁史、未控制的
糖尿病、未控制的
高血壓、視網膜病、
銀屑病、有癥狀的心臟病、自身免疫性甲狀腺炎或其它活動性自身免疫性疾病。此外在以下情況應用干擾素治療還應特別注意：中性粒細胞減少（中性粒細胞計數<1500/mm3）、血小板減少（血小板計數<85000/mm3）、
器官移植（肝移植除外）、存在抗甲狀腺的自身抗體、老年患者。使用利巴韋林的絕對禁忌證為：腎功能衰竭、妊娠或沒有可靠的避孕措施、嚴重心臟疾病。相對禁忌證為：未控制的高血壓、存在冠心病的其它危險因素和貧血。聯合治療過程中也應注意以上禁忌證。
五、丙型肝炎抗病毒治療的新希望
最近《自然》雜志報告研制出一種抗HCV藥物名叫BILN 2061，能阻斷HCV NS3酶的功能。丙型肝炎患者分別服用安慰劑或者含有BILN 2061的藥液，每天2次，共服用2d。結果服用BILN 2061后，患者體內的丙型肝炎病毒水平下降了100多倍。而采用既往的干擾素和病毒唑聯合治療，需要12周時間才能取得類似療效。該藥的安全性和有效性需進一步評估。
