除了抗病毒療效和耐藥性,衛生經濟學也是選擇藥物時應該考慮的,如果開始選用相對便宜的藥物如拉米夫定,那么65%~80%的患者此后將改用恩替卡韋或加用阿德福韋;如果開始即使用最有效、耐藥發生率低的藥物如恩替卡韋,則以后加用或改用其他藥物的比例很低,而且由于耐藥后病毒反彈比例極低,因此治療過程中檢測次數也相應減少,費用效益比可能高于前一方案。在Gish教授個人臨床實踐中,他認為對于ALT>80 U/L、HBV DNA <107 U/ml或某些基因亞型的患者,應選擇聚乙二醇化干擾素(PEG-IFN);拉米夫定可用于治療時間小于4個月的患者(如化療和妊娠婦女);阿德福韋僅用于病毒載量較低的患者;對于其他患者均應選擇恩替卡韋治療。